熒光定量PCR(Real-Time Quantitative PCR,qPCR)是一種在PCR擴(kuò)增過程中實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)目標(biāo)核酸積累量的分子生物學(xué)技術(shù)。它結(jié)合了傳統(tǒng)PCR的高靈敏性與熒光信號(hào)檢測(cè)技術(shù),可以在反應(yīng)過程中動(dòng)態(tài)記錄每個(gè)循環(huán)的熒光強(qiáng)度,并通過標(biāo)準(zhǔn)曲線或ΔΔCt方法進(jìn)行定量分析。賽默飛熒光定量PCR儀是該技術(shù)的重要硬件平臺(tái),其核心在于精確的溫控系統(tǒng)、高靈敏度的光學(xué)檢測(cè)系統(tǒng)以及高速數(shù)據(jù)處理模塊。
與終點(diǎn)檢測(cè)不同,熒光定量PCR在整個(gè)擴(kuò)增過程中無需取樣檢測(cè),能夠避免操作帶來的污染風(fēng)險(xiǎn),同時(shí)提供定量、定性和熔解曲線分析等多種功能。這種方式不僅提高了數(shù)據(jù)的可靠性,還顯著縮短了實(shí)驗(yàn)周期。
賽默飛熒光定量PCR儀的工作原理可歸納為以下幾個(gè)核心環(huán)節(jié):
DNA的特異性擴(kuò)增(Thermal Cycling)
儀器通過精確的溫度控制實(shí)現(xiàn)PCR三步循環(huán):
賽默飛的溫控模塊通?;诟邔?dǎo)熱材料和半導(dǎo)體制冷(Peltier元件),結(jié)合熱學(xué)反饋回路,確保每個(gè)循環(huán)的溫度梯度一致性,從而減少擴(kuò)增偏差。
變性(Denaturation):高溫(94–95℃)使雙鏈DNA解開為單鏈。
退火(Annealing):中溫(50–65℃)使引物與模板結(jié)合。
延伸(Extension):Taq DNA聚合酶在72℃下延伸新鏈。
熒光信號(hào)實(shí)時(shí)采集(Optical Detection)
在PCR擴(kuò)增過程中,體系中加入熒光標(biāo)記分子(如SYBR Green或TaqMan探針)。當(dāng)目標(biāo)DNA被擴(kuò)增時(shí),熒光分子與之結(jié)合或被水解,釋放出可檢測(cè)的熒光信號(hào)。
儀器內(nèi)置高強(qiáng)度激發(fā)光源(多為L(zhǎng)ED或鹵素?zé)簦?,通過濾光片精確選擇激發(fā)波長(zhǎng);熒光發(fā)射信號(hào)則通過另一組濾光片和光學(xué)通道被收集,并由光電倍增管(PMT)或高靈敏CMOS/CCD傳感器轉(zhuǎn)換為電信號(hào)。
信號(hào)與循環(huán)數(shù)的關(guān)系(Ct值)
在擴(kuò)增的指數(shù)期,熒光信號(hào)強(qiáng)度與擴(kuò)增產(chǎn)物量成正比。
當(dāng)熒光強(qiáng)度超過預(yù)設(shè)閾值(Threshold)時(shí),儀器記錄對(duì)應(yīng)循環(huán)數(shù)為Ct值(Cycle threshold),它與初始模板量呈反比關(guān)系。
通過已知濃度的標(biāo)準(zhǔn)品建立標(biāo)準(zhǔn)曲線,可以精確計(jì)算未知樣本的起始拷貝數(shù)。
數(shù)據(jù)處理與結(jié)果呈現(xiàn)
賽默飛的系統(tǒng)軟件可在擴(kuò)增結(jié)束后自動(dòng)生成擴(kuò)增曲線、標(biāo)準(zhǔn)曲線和熔解曲線,并提供多種定量模式(絕對(duì)定量、相對(duì)定量、基因表達(dá)倍數(shù)變化分析等)。
高速數(shù)據(jù)處理芯片確保每個(gè)循環(huán)結(jié)束后立即完成光信號(hào)采集和計(jì)算,從而實(shí)現(xiàn)真正的“實(shí)時(shí)”監(jiān)測(cè)。
賽默飛熒光定量PCR儀的檢測(cè)化學(xué)主要分為兩大類:
雙鏈DNA結(jié)合染料法(SYBR Green I 等)
機(jī)制:染料能與雙鏈DNA的小溝結(jié)合,在游離狀態(tài)下熒光很弱,與DNA結(jié)合后熒光顯著增強(qiáng)。
特點(diǎn):操作簡(jiǎn)便、成本低,但特異性依賴于引物設(shè)計(jì)和擴(kuò)增條件,因?yàn)槿玖蠒?huì)與所有雙鏈DNA結(jié)合,包括非特異性產(chǎn)物和引物二聚體。
應(yīng)用:常用于基因表達(dá)分析、拷貝數(shù)變化檢測(cè)等。
熒光探針法(TaqMan、MGB、分子信標(biāo)等)
機(jī)制:探針上帶有熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán),處于近距離時(shí)熒光被抑制。擴(kuò)增過程中,Taq酶的5’→3’外切酶活性會(huì)切解探針,分離熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán),從而釋放熒光信號(hào)。
特點(diǎn):特異性高,可實(shí)現(xiàn)多重檢測(cè)(不同探針標(biāo)記不同熒光基團(tuán))。
應(yīng)用:病原體檢測(cè)、突變檢測(cè)、基因分型等。
賽默飛的光學(xué)系統(tǒng)設(shè)計(jì)支持多通道激發(fā)和檢測(cè),可同時(shí)監(jiān)測(cè)多種不同波長(zhǎng)的熒光信號(hào),實(shí)現(xiàn)多靶標(biāo)定量。
賽默飛熒光定量PCR儀的溫控核心通常采用Peltier半導(dǎo)體熱電制冷技術(shù),配合高熱導(dǎo)率的金屬模塊和微處理器控制,實(shí)現(xiàn)以下性能:
溫度均一性:同一反應(yīng)板的所有孔位溫度差通常小于±0.2℃,保證多樣品結(jié)果一致性。
升降溫速率:可達(dá)4–6℃/秒,縮短反應(yīng)時(shí)間,提高通量。
熱循環(huán)壽命:Peltier元件具備長(zhǎng)時(shí)間穩(wěn)定運(yùn)行能力,可支持?jǐn)?shù)十萬(wàn)次循環(huán)。
熔解曲線分析是SYBR Green檢測(cè)體系的重要環(huán)節(jié),用于判斷擴(kuò)增產(chǎn)物的特異性:
在擴(kuò)增結(jié)束后,儀器逐漸升高溫度,監(jiān)測(cè)熒光信號(hào)變化。
當(dāng)溫度升高到產(chǎn)物雙鏈解離(熔解)時(shí),熒光信號(hào)急劇下降。
通過熒光變化率(-dF/dT)繪制曲線,不同序列的熔解溫度(Tm值)不同,從而區(qū)分目標(biāo)產(chǎn)物與非特異性產(chǎn)物。
賽默飛系統(tǒng)可在同一通道快速完成擴(kuò)增與熔解曲線采集,無需更換反應(yīng)體系。
賽默飛熒光定量PCR儀配套的軟件系統(tǒng)具備以下功能:
實(shí)時(shí)曲線顯示:在擴(kuò)增過程中動(dòng)態(tài)顯示每個(gè)循環(huán)的熒光曲線。
自動(dòng)閾值設(shè)定:算法自動(dòng)識(shí)別指數(shù)期的線性部分,并計(jì)算最佳閾值位置。
標(biāo)準(zhǔn)曲線生成:自動(dòng)計(jì)算斜率、相關(guān)系數(shù)(R2)和擴(kuò)增效率。
多重檢測(cè)分解:區(qū)分不同熒光通道的數(shù)據(jù),實(shí)現(xiàn)多靶標(biāo)定量。
基因表達(dá)分析:支持ΔCt、ΔΔCt等多種方法,自動(dòng)生成倍數(shù)變化結(jié)果。
賽默飛熒光定量PCR儀的應(yīng)用范圍廣泛,涵蓋基礎(chǔ)研究、臨床診斷和工業(yè)檢測(cè)等領(lǐng)域:
病原體檢測(cè):檢測(cè)病毒、細(xì)菌、真菌等的核酸含量,例如新冠病毒核酸檢測(cè)。
基因表達(dá)分析:研究不同條件下目標(biāo)基因的表達(dá)變化。
基因分型與突變檢測(cè):利用特異性探針區(qū)分等位基因、識(shí)別SNP。
拷貝數(shù)變異(CNV)分析:檢測(cè)基因組中目標(biāo)區(qū)域的拷貝數(shù)變化。
食品安全檢測(cè):檢測(cè)轉(zhuǎn)基因成分、致病菌等。
綜合來看,賽默飛熒光定量PCR儀的工作原理可總結(jié)為:
在精確的熱循環(huán)控制下,通過引物驅(qū)動(dòng)的DNA擴(kuò)增過程,利用熒光分子在擴(kuò)增產(chǎn)物形成過程中的熒光變化,實(shí)現(xiàn)對(duì)核酸濃度的實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)和定量計(jì)算。
其關(guān)鍵優(yōu)勢(shì)在于溫控精度、光學(xué)檢測(cè)靈敏度與數(shù)據(jù)分析算法的綜合優(yōu)化,使得擴(kuò)增效率、特異性和定量準(zhǔn)確性都達(dá)到高標(biāo)準(zhǔn)。
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